Die Geschichte der Kirchengemeinde Lauenburg ist eng mit dem Herzogsgeschlecht der Askanier verbunden. Die Maria-Magdalenen-Kirche wurde von Herzog Albrecht I. zum Andenken an seinen Sieg in der Schlacht bei Bornhöved am Maria-Magdalenen-Tag, dem 22. Juli 1227, gestiftet. Diese Angaben finden ihre Bestätigung in zeitgenössischen Quellen, denn im Zehntregister von 1230 werden weder Stadt noch Parochie Lauenburg erwähnt. Auf dem späteren Stadtgebiet lagen die drei Dörfer Gottschalksdorf (villa Godescalci), Volkmarsfeld und Albrechtshop, die zum Kirchspiel Lütau gehörten. Die Gründung des Kirchspiels, welche mit der Gründung der urkundlich erstmals 1260 erwähnten Stadt einhergegangen sein dürfte, erfolgte aber bald darauf, denn 1243 wird erstmals ein Pfarrer (plebanus) namens Burchardus in Lauenburg erwähnt. Um diese Zeit befand sich die Kirche vermutlich noch im Bau; zwar wird sie in die Zeit um 1300 datiert, aber die Mischbauweise aus Feld- und Ziegelsteinen ist seit der Mitte des 13. Jahrhunderts im Gebiet des Herzogtums Lauenburg üblich.

Dieses Monument, das Grabdenkmal und Ruhmeshalle eines selbstbewussten Renaissancefürsten war, muss einen prachtvollen Anblick, vergleichbar dem ebenfalls von Robert Coppens geschaffenen Grabmal für Herzog Christoph im Schweriner Dom, geboten haben. 1827 aber ließ der damals amtierende Pastor Uthoff das Grabmonument und den Schnitzalter aus dem Chor entfernen und beauftragte den Landesbaumeister Timmermann mit einer Umgestaltung des Chorraums im klassizistischen Stil. Doch nur vier Jahrzehnte später erfolgte eine Veränderung im neugotischen Stil, als im Chor ein hölzerner Altar aufgestellt wurde und das Gestühl dem Zeitgeschmack entsprechend dunkel gestrichen wurde.

Ein besonderes Schmuckstück ist der Orgelprospekt aus den ersten Jahren des Dreißígjährigen Kriegs. Auf dem Fürstentag von 1625, als auf dem Lauenburger Schloss König Christian IV. von Dänemark zum Oberfeldherren des Niedersächsischen Kreises gewählt wurde, wurde unter den hohen Gästen eine Sammlung für eine neue Orgel veranstaltet, so dass schon zwei Jahre später trotz der notvollen Zeit ein stattliches Instrument bei dem Hamburger Orgelbaumeister Hinnerk Kröger in Auftrag gegeben werden konnte. Das eigentliche Orgelwerk ist in den folgenden Jahrhunderten verschiedentlich renoviert und erneuert worden. Das jetzige Werk aus der Lübecker Werkstatt Kemper wurde 1961 eingebaut.

Ab den 1950er Jahren entstand im Westen der Stadt ein großes Neubaugebiet, das bald nach einem kirchlichen Mittelpunkt verlangte.1968 wurde der Gemeindebezirk West geschaffen, zu dem auch die im selben Jahr nach Lauenburg eingepfarrte Kapellengemeinde Schnakenbek gehört. An der Dresdner Straße wurde ein neues Gemeindezentrum mit einem Gemeindehaus und einer Kirche geplant, wovon jedoch 1970 nur das Gemeindehaus verwirklicht wurde. Dieses Gemeindehaus, 1980 in Dietrich-Bonhoeffer-Haus umbenannt, wurde 2013/2014 zu einem Familienzentrum erweitert. Unter einem Dach sind dort die Kindertagesstätte und Räume für die Kurse der Familienbildungsstätte sowie für die Gruppen und Kreise der Kirchengemeinde vereint.

Jahrhunderte lang befand sich der Friedhof rund um die Kirche, doch gegen Ende des 18. Jahrhunderts wurde der Platz so knapp, dass am damaligen Hamburger Fuhrweg (heute Bundesstraße 5) in einem Gebiet, das damals nahezu unbesiedelt war, ein neuer Friedhof angelegt wurde. Weil bei Beerdigungen der Weg von der Kirche zur Grabstätte nicht nur weit, sondern auch steil und beschwerlich war, wurde aus den Mitteln der Stiftung des Bürgermeisters Johann Joachim Nienau 1809 eine Friedhofskapelle errichtet. Der achteckige, klassizistische Bau hatte ursprünglich langrechteckige Fenster, die im späten 19. Jahrhundert durch spitzbogige ersetzt wurden. Bemerkenswert ist der Dachknauf mit seiner Auferstehungssymbolik: Über der Weltkugel erhebt sich eine Schlange als Sinnbild der Sünde und des Todes, die durch den als Morgenstern symbolisierten Christus besiegt wird.

Zum 1. Januar 1968 wurde die bis dahin zu der hannoverschen Kirchengemeinde Artlenburg gehörende Kapellengemeinde Schnakenbek nach Lauenburg eingepfarrt.

Im Ratzeburger Zehntregister von 1230 gehörte Schnakenbek zur Parochie Lütau, später bekam das Dorf dann eine eigene Kapelle, den Vorgängerbau der heutigen St.-Johannis-Kapelle. Noch vor 1581 wurde Schnakenbek dem Kirchspiel Artlenburg zugeordnet. Der Grund dafür mag der wegen der Fährverbindung kürzere und bequemere Weg gewesen sein. Allerdings waren die Verbindungen nach Lütau nicht vollends abgebrochen, denn die Schulaufsicht lag bis zum Ende des 19. Jahrhunderts weiterhin beim Lütauer Pastor. Nachdem die Fährverbindung zwischen Artlenburg und Schnakenbek 1964 eingestellt worden war und die Artlenburger Kirche nur noch über einen zwölf Kilometer langen Umweg über die Lauenburger Elbbrücke erreicht werden konnte, wurde die Kapellengemeinde Schnakenbek nach längeren Verhandlungen zwischen der Hannoverschen und der Schleswig-Holsteinischen Landeskirche schließlich nach Lauenburg eingepfarrt. Seitdem besitzt sie den Status einer Kapellengemeinde mit eigenem Kapellenvorstand.

Die erste urkundliche Erwähnung der St.-Johannis-Kapelle erfolgte im Visitationsbericht von 1581, aber die Kapelle dürfte älter sein. Im 19. Jahrhundert war sie so baufällig geworden, dass sie 1854/55 durch den heutigen Bau ersetzt wurde. Am Ende des Zweiten Weltkrieges wurde die St.-Johannis-Kapelle in Folge von Artilleriebeschuss stark beschädigt, aber die Wiederherstellungsarbeiten erfolgten erst zwischen 1953 und 1957. Von der Ausstattung der alten Kapelle wurden Figuren eines spätgotischen Schnitzaltars übernommen, die 1962 in der heutigen Anordnung im Altarraum arrangiert wurden.